翁幸鐾，糜祖煌，王春新，朱健铭

    (1.宁波市第一医院 检验科，浙江 宁波 315010；2.无锡市克隆遗传技术研究所 生物信息学室，江苏无锡 214026；3.南京医科大学附属无锡人民医院 检验科，江苏 无锡 214023；4.杭州市余杭区中医院 检验科，浙江 杭州 311106)

    高通量全基因组测序法对尿道致病性大肠埃希菌NB8株毒力因子数据的初步分析

    翁幸鐾1，糜祖煌2，王春新3，朱健铭4

    (1.宁波市第一医院 检验科，浙江 宁波 315010；2.无锡市克隆遗传技术研究所 生物信息学室，江苏无锡 214026；3.南京医科大学附属无锡人民医院 检验科，江苏 无锡 214023；4.杭州市余杭区中医院 检验科，浙江 杭州 311106)

    目的：调查1株尿道致病性大肠埃希菌(UPEC)NB8株携带的毒力因子和可能存在的致病机制。方法：UPEC NB8株分离自2012年4月宁波市第一医院住院患者尿液标本，做16SrDNA和gyrA基因测序BLASTn比对确认为UPEC，用Illumina HiSeq与Ion Torrent PGM这2种大规模并行测序仪进行全基因组分析，再进行人工测序补缺口。再对NB8株做毒力因子数据挖掘和分析，最后把NB8株和9株全基因组测序的UPEC的毒力因子做比较基因组学研究。结果：UPEC NB8株全基因组测序得到一条推定的染色体序列，长4 550 369 bp(内含14个缺口)。推定的质粒序列，长635 377 bp(内含33个缺口)。NB8株全基因组中挖掘出黏附(黏附素、P菌毛、1型菌毛、大肠埃希菌共同菌毛)、铁摄取系统(产气菌素、血红素摄取、肠杆菌素)、蛋白酶(分泌自转运毒素)、毒素(溶血素)、抗原43、SHI-2毒力岛等多种毒力因子。结论：UPEC NB8株中检出的多种毒力因子可能会在细菌黏附、侵袭、溶细胞活性、细胞毒性等方面起着重要作用，并能增强细菌的生存能力和致病力，导致宿主的泌尿道感染。全基因组测序技术具有超高速、高通量、低成本和高效益的优势，值得推广。

    大肠埃希菌；全基因组；多药耐药；尿道致病性；毒力因子

    每年超过800万美国女性受尿道致病性大肠埃希菌(uropathogenic Escherichia Coli，UPEC)感染而产生泌尿道感染(urianary tract infaction，UTI)症状[1]，33%女性在24岁时已有UTI史并接受抗生素治疗，超过半数的女性在一生中曾有过UTI史[2]，大于80%的UTI由UPEC引起[3] ......