陈林波，李先鹏，姜昊，曾丽丽，郑静蕾，许丰

    (宁波市鄞州人民医院，浙江 宁波 315040，1.消化内科；2.感染科；3.内镜中心)

    原发性肝癌是一种消化系统常见的恶性肿瘤，我国每年因肝癌死亡的人数在所有恶性肿瘤中位居第三[1]。虽然近年来肝癌的治疗方式发展迅速，但患者5年生存率仍不容乐观，全世界范围内每年约有75万人因肝癌死亡[2]。近年来基因芯片技术的快速发展在研究肿瘤基因表达谱和寻找肿瘤关键基因中发挥重要作用[3]。本研究从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载包含正常癌旁组织、肝硬化组织、肝癌组织的基因芯片(GSE45050)，利用生物信息学技术筛选出肝癌相关差异表达基因，之后进行功能富集分析并构建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction，PPI)网络，进一步筛选出关键基因并进行验证，为阐明肝癌的发病机制提供重要理论依据。

    1 材料和方法

    1.1 芯片数据来源 本研究从GEO(https∶//www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)数据库下载基因芯片数据集GSE45050，芯片总共包含16例样本，其中3例正常癌旁组织，2例脂肪肝组织，5例肝硬化组织和6例肝细胞肝癌组织，其芯片平台是GPL6244[HuGene-1_0-st] Affymetrix Human Gene 1.0 ST Array[transcript (gene) version]。

    1.2 DEGs筛选 用R语言软件读取下载矩阵文件，使用limma包[4]对正常癌旁组织和肝癌组织、肝硬化组织和肝癌组织进行分析，分别得到各自差异表达基因(differentially expressed genes，DEGs)。DEGs筛选标准：log2基因表达差异倍数(foldchange，FC)绝对值≥1，adjust P<0.05。

    1.3 DEGs的GO和KEGG分析 通过DAVID(the Database for Annotation ......