结直肠癌组织浸润免疫细胞组成及特征
肥大细胞,健康人,亚型,1材料和方法,2结果,3讨论
吴林峰,孙永吉,叶乐乐,沈贤,薛向阳,沈淑蓉(1.温州市中西医结合医院 肿瘤科,浙江 温州 325000;2.温州医科大学 第一临床医学院,浙江 温州 325035;3.温州医科大学 基础医学院 微生物学与免疫学教研室,浙江 温州 325035;4.温州医科大学附属第二医院 胃肠外科,浙江 温州 325027)
结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是最常见的肿瘤之一,在全球因癌症死亡的原因中居第二位[1]。随着医疗水平的提高,尽管癌症的存活率得到了极大的提高,但CRC的发病率及病死率仍较高,晚期患者的预后仍然很差[2]。肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)的免疫特征已经被列入肿瘤十大特征之一[3],一方面能够在患者临床预后中发挥作用,另一方面,还能预测患者临床化疗或者放疗等的临床疗效[4-5]。因此,对TME中免疫细胞的种类和分布的研究,具有重要临床意义[6-9]。由于健康人的组织标本的获得存在很大难度,近年来对于TME的研究通常是将癌症患者的肿瘤组织及配对的正常组织如癌旁组织进行对比,很少有研究探讨肿瘤组织与健康人组织的差异。
现阶段用于TME研究的主要技术手段有免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)和流式细胞术(flow cytometry,FCM)2种,但这些技术存在局限性。IHC一次可以评估很少的免疫细胞类型,而FCM明确区分某些细胞类型通常基于几种标记蛋白,其受荧光通道数量的限制。随着计算机科学和互联网技术的进步,生物信息学得到了快速的发展,各种新的生物信息分析技术不断涌现,CIBERSORT就是其中之一[10]。CIBERSORT采用对大量基因表达数据进行去卷积的一种复杂的算法,可以将组织中基因表达谱数据转化为组织中各种免疫细胞类型所占的比例。
本研究通过下载GEO数据库51 例健康人以及333例CRC患者的基因表达谱数据,通过CIBERSORT工具转化为免疫细胞类型及其占比情况。从TME角度出发,探讨健康人与CRC组织在免疫细胞组成及含量上的差异,为相关研究提供参考。
1 材料和方法
1.1 研究人群 在GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载不同疾病状态的结直肠组织样本的基因表达谱数据 ......
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