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编号:610919
基于生物信息学筛选子宫内膜癌预后相关的lncRNAs分子标签
http://www.100md.com 2021年5月25日 温州医科大学学报 2021年第5期
生存率,1资料和方法,2结果,3讨论
     胡云双,张颖,曾海平

    温州市中西医结合医院 检验科,浙江 温州 325000

    子宫内膜癌是女性生殖系统中最为常见的癌症之一,目前位列发达国家女性恶性肿瘤中的第四位,我国每年也约有2万人死于该病[1-2]。虽然子宫内膜癌的手术、化疗及免疫治疗都取得了一定的进展[3],但患者的病死率仍居高不下[4]。因此,从分 子层面更深入地探索其发病机制[5],研究影响子宫内膜癌预后的分子标签来评估与预测患者生存率,具有临床实际意义[6]。

    长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA) 是一类长度在200~100 000 nt之间非蛋白编码RNA分子,常被用于肿瘤诊断或预后评估,是一类极具潜力的新一代标志物[7]。研究表明,lnc RNA作为重要的调控因子,参与肿瘤细胞的增殖、分化、转 移[8],但目前关于lncRNAs在子宫内膜癌中的生物学功能和分子机制仍鲜见报道[9]。本研究提取TCGA数据库中子宫内膜癌的lnc RNA表达数据及临床相关数据,通过差异表达分析和单因素LASSO Cox回归,寻找与子宫内膜癌预后相关的IncRNA,采用多因素Cox回归模型构建预测子宫内膜癌预后相关的lncRNA分子标签,为子宫内膜癌的预后评估提供进一步支持。

    1 资料和方法

    1.1 子宫内膜癌lncRNA表达数据及临床资料的收集与处理 从TCGA数据库(https://p ortal.gdc.cancer.gov/)中下载子宫内膜癌和癌旁组织的RNAseq level 3转录组数据及临床相关资料,数据集截止日期为2020年2月。样本筛选纳入标准包括:①经过病理证实为原发性子宫内膜癌,并且术前未经任何放化疗;②预后信息完整无缺失,预后随访时间大于30 d。除去临床信息缺失的个体,共计523个子宫内膜癌和23个癌旁组织纳入分析。

    1.2 lncRNA差异表达分析 采用R语言的“edgeR”包[10]对子宫内膜癌和癌旁组织的lncRNA进行表达差异筛选分析,筛选标准如下:log2|差异倍数(FC)| ≥1且假阳性发现率(false discovery rate,FDR)<0.05。用R语言“ggplot2”包绘制火山图,采用R语言“ComplexHeatmap”包绘制热图 ......

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