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编号:610604
基于RNA测序的A亚型呼吸道合胞病毒毛细支气管炎转录组学特征分析及关键基因预测
http://www.100md.com 2022年11月3日 温州医科大学学报 2022年第10期
1对象和方法,2结果,3讨论
     李海燕,翁婷婷,王乐颖,梁春婵,董琳

    温州医科大学附属第二医院育英儿童医院 儿童呼吸科,浙江 温州 325027

    呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus, RSV)是引起婴幼儿下呼吸道感染的重要病毒,在婴幼儿中有较高的发病率和致死率[1]。其中毛细支气管炎是RSV感染导致的最常见的下呼吸道感染,占所有毛细支气管炎住院患儿的50%~80%[2]。根据病毒G蛋白基因的不同,RSV可分为A、B亚型[3]。不同亚型RSV感染的婴幼儿毛细支气管炎的免疫学机制较为复杂,目前尚不明确。现仍无有效的疫苗和特效治疗药物,只能对症支持治疗。因此需对可能的发病机制进行深入探讨,为临床干预和治疗提供科学依据。

    转录组学是研究病毒与宿主细胞相互作用的重要手段,为感染性疾病的预防和治疗以及揭示疾病的发病机制提供更多的研究方法[4-6]。目前国内尚少见不同亚型RSV感染转录组学的研究报道,鉴于不同国家人群的遗传背景不尽相同,有必要对我国不同亚型RSV感染儿童开展转录组学研究。本项目前期从收集的23个RSV毛细支气管炎患儿鼻咽分泌物中分离出11个RSV病毒样品,最终鉴定均是A亚型RSV,同时应用RNA高通量测序方法对A亚型RSV毛细支气管炎患儿全血基因转录组学进行分析,并与性别、年龄配对的健康儿童进行对比,筛选差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),进一步分析差异基因表达功能,以期从分子水平了解A亚型RSV感染的宿主遗传与免疫反应特点,阐明A亚型RSV毛细支气管炎的潜在发病机制。

    1 对象和方法

    1.1 对象 招募2020年1月1日至2020年12月31日RSV感染的毛细支气管炎患儿作为病例组。病例组纳入标准:①1~24月龄,汉族;②首次出现咳嗽、喘息[符合毛细支气管炎诊断、治疗与预防专家共识(2014版)诊断标准];③鼻咽分泌物免疫荧光检测RSV阳性。病例组排除标准:①早产,合并慢性肺部疾病、先天性心脏病、免疫缺陷病、神经肌肉疾病等其他慢性疾病;②14 d内应用过全身糖皮质激素治疗;③合并呼吸系统其他病毒或细菌感染;④合并其他系统病毒或细菌感染。健康对照组纳入标准:①1~24月龄,汉族;②同期在儿童保健科体检的健康儿童;③既往无喘息病史,1个月内无呼吸道感染史。本研究经温州医科大学附属第二医院育英儿童医院伦理委员会批准(编号:LCKY2019-148),所有研究对象监护人知情同意。

    1.2 标本采集、RSV病毒亚型鉴定、RNA提取 标本采集:入院当天采集毛细支气管炎患儿鼻咽分泌物1 mL置于2 mL 0.9%氯化钠溶液中 ......

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