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编号:639170
基于生物信息学分析鉴定激素性股骨头坏死的关键生物标志物及相关免疫细胞浸润
http://www.100md.com 2022年7月12日 中华骨与关节外科杂志 2022年第6期
外周血,粒细胞,1资料与方法,1SIONFH样本数据的获取,2基因数据统计方法,3DEGs的基因本体论(geneontology,GO)富集分析,4SIONFH相关靶基因的筛选,5蛋白质
     葛彦志,黄培洁,瞿杭波,陈佳烨,陈祖祥,陈文娴,夏清馨,童培建,3

    股骨头坏死(osteonecrosis of the femoral head,ONFH)是导致髋关节疼痛和患者残疾的一个重要原因。目前将ONFH分为两类:创伤性和非创伤性。创伤性ONFH 主要是由股骨头血液供应的急性机械破坏引起的;非创伤性ONFH 中激素性ONFH(steroidinduced ONFH,SIONFH)是最常见的形式[1]。然而,SIONFH 发生的确切机制仍不清楚。目前,关于SIONFH的发病机制主要有以下五种理论:①脂质代谢紊乱理论;②骨髓间充质干细胞降低成骨潜能的理论;③血液供应不足理论;④炎症与细胞凋亡的理论;⑤基因多态性和非编码RNA 理论。SIONFH可能是由以上多种机制共同作用的结果[2]。由于骨坏死组织难以恢复、高残疾率,以及部分患者仍需长期使用糖皮质激素等原因,SIONFH在医学界受到广泛关注。SIONFH 的发生发展会对股骨头造成不可逆的损伤,从而严重影响患者的生活质量。因此,研究SIONFH的发病机制对其预防、诊断和治疗等方面都具有重要意义。

    生物信息学是生物学与信息学的交叉科学,其研究对象主要集中在基因和蛋白质两个方面,并且在生命科学的研究中发挥着至关重要的作用[3]。在研究基因表达谱与生物学功能之间可能存在的联系时主要运用基因芯片技术,该技术可一次性对上万个基因的表达谱进行检测,极大推动了生物信息学技术的进步[4-6]。

    本研究利用生物信息学方法对来自基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中SIONFH患者外周血清中的基因芯片数据进行差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)分析,并计算SIONFH患者外周血清中免疫细胞之间的相关性,通过挖掘到的DEGs分析其分子作用关系,构建疾病相关DEGs 的分子调控网络,从而进一步探究SIONFH发生的分子机制、SIONFH患者外周血清中浸润性免疫细胞的组成特点及其在疾病发生发展过程中扮演的角色。

    1 资料与方法

    1.1 SIONFH样本数据的获取

    由GEO 数据库在线检索人类基因芯片样本,以“Femoral head necrosis”为检索策略,获得GPL15207平台上提供的芯片数据GSE123568,所用实验平台为美国昂飞公司(Affymetrix,Inc)的人类全基因芯片数据。共纳入40 例样本,其中SIONFH 组30 例 ......

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