唐古红景天干预肺动脉高压作用机制的网络药理学研究※
靶点,资料与方法,1网络药理学相关数据库及软件,2实验方法,结果,1唐古红景天活性成分干预肺动脉高压的潜在靶点筛选,2唐古红景天活性成分蛋白互作网络PPI的构建与分析,3GO功能和KEGG通路富集分析,4“化
华玉美多,南星梅,杨占婷,苏姗姗,李占强*,芦殿香**[1.青海大学生态环境工程学院,青海 西宁 810016;2.青海大学高原医学研究中心,高原医学教育部重点实验室,青海省高原医学应用基础重点实验室(青海-犹他高原医学联合重点实验室),青海 西宁 810001;3.青海大学医学院,青海 西宁 810001;4.西宁海关技术中心,青海省食品安全研究重点实验室,青海 西宁 810003]
课题组前期研究发现,唐古红景天活性部位具有显著的血管舒张活性,能够显著干预低氧性肺动脉高压的形成;并明确了活性部位的主要化学成分。[1-3]尽管对其作用机制进行了一些研究,但仍不清晰。基于此,本研究借助网络药理学方法构建“成分-靶点-通路”网络,以期揭示唐古红景天干预肺动脉高压的具体作用机制,为后续深入研究提供线索。
1.资料与方法
1.1 网络药理学相关数据库及软件
Swiss Target Prediction数据库(网址:http://new.swisstargetprediction.ch/)[4];PubChem数据库(网址:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/);Genecard数据库(网址:https://www.genecards.org/)[5];UniProt数据库(网址:https://www.uni prot.org/);STRING数据库(网址:https://string-db.org/);KEGG数据库(网址:http://www.genome.jp/kegg)。Venny2.1.0软件;Cytoscape3.6.1软件。
1.2 实验方法
1.2.1 化合物的筛选与靶点预测
借助PubChem数据库获取唐古红景天活性部位38个主要成分的化学结构(SMILES格式),并导入Swiss Target Prediction服务器进行靶点预测,并以靶点相关概率值≥0.2为标准[6]筛选化合物及相关靶点。利用Perl语言通过UniProt后台数据库进行靶点基因注释。登录GeneCards网站,以“pulmonary hypertention”“pulmonary arterial hypertention”“hypoxic pulmonary hypertention”为关键词进行检索获得肺动脉高压疾病相关靶点 ......
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