基于生物学信息分析染色体分离1样基因在预测胃癌预后中的价值※
生存期,工具,1方法,1利用GEPLA平台分析CSE1L在胃癌中的表达情况,2利用Kaplan-Meierplotter平台分析CSE1L生存预后价值,3利用STRING在线平台绘制CSE1L蛋白互
史虎祥,刘 珺,苏占海&,刘 燕*(1.青海大学医学院,青海 西宁 810001;2.西安交通大学医学院,陕西 西安 710049)
人类染色体分离1样(CSE1L)基因在细胞凋亡、存活和染色体组装、核质转运、微泡形成中起重要作用,是一种广泛存在于恶性肿瘤患者血清中的分泌蛋白,调节癌症的增殖、侵袭、转移和凋亡,并且CSE1L的表达与肿瘤的分级和分期呈正相关。本课题借助GEPLA、Kaplan-Meier plotter、STRING等开放性数据库分析CSE1L在胃癌组织中的表达差异、预后关系及机理机制。
1 方法
1.1 利用GEPLA平台分析CSE1L在胃癌中的表达情况
利用在线工具GEPLA(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)绘制CSE1L在胃癌组织和癌旁正常组织中表达的箱形图及CSE1L表达与胃癌患者病理分期的小提琴图,筛选条件如下:“Bocplot”“Stageplot”“肿瘤:STAD”“基因:CSE1L”“Match TCGA normal and GTExdata”。
1.2 利用Kaplan-Meier plotter平台分析CSE1L生存预后价值
利用在线工具Kplain-Meier plotter(http://KMplot.com/analysis)绘制CSE1L与胃癌患者生存时间曲线图,筛选条件如下:“肿瘤类型:胃癌”“基因:CSE1L”“生存期:总生存期OS/首次进展生存期FP”。
1.3 利用STRING在线平台绘制CSE1L蛋白互作(PPI)网络
利用STRING在线数据平台(http://string-db.org/cgi/input版本11.0b)构建CSE1L蛋白相互作用(PPI)网络图 ......
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