OCT4通过重编程转录组调节毛囊干细胞分化潜能
谱系,1材料与方法,1细胞样本及培养方法,2RNA提取及测序,3差异表达基因(DEGs)分析及富集计算,4统计学分析,2结果,1基因转录本的差异分析,2DEGs的聚类分析,3DEGs的功能富集分析,4OCT4靶基
(1 青岛大学医学部基础医学院病理学系,山东 青岛 266071; 2 青岛市市立医院病理科; 3 青岛市中心医院重症医学科)利用基因工程技术能够将一种细胞重编程并直接转分化成另一种细胞[1-2]。我们的前期研究将这一技术应用于人毛囊干细胞(hHFMSC),并成功地将其转分化为红细胞。过表达OCT4的hHFMSC在培养过程中从贴壁细胞中逐渐产生一类小而圆、易悬浮的新的细胞亚群,该细胞亚群经造血诱导培养和红系生长因子刺激后能够向成熟的红细胞转分化[3]。hHFMSC本身具有多向分化的潜能[4],在转导4个多潜能转录因子(OCT4、SOX2、KLF4和c-Myc)后可以被重编程为诱导多能干细胞(iPSC),而单独转导OCT4可以被诱导生成红细胞,但OCT4重编程hHFMSC的机制尚未有研究。本研究在前期研究的细胞模型基础上,利用转录组测序分析OCT4转导后全基因转录组的改变,通过功能富集分析以及KEGG分析探索OCT4对各谱系细胞发育的核心调控作用,筛查OCT4下游靶基因,旨在探讨OCT4重编程hHFMSC的分子机制。
1 材料与方法
1.1 细胞样本及培养方法
前期工作中分离并鉴定后获得的hHFMSC;hHFMSCOCT4-adherent:应用含有OCT4cDNA的慢病毒载体pLV-EF1α-OCT4-IRES-EGFP以及含有表达pVSVG、gag-pol和rev包装质粒共同转导hHFMSC,并经OCT4基因表达鉴定的贴壁细胞;hHFMSCOCT4-floating:收集hHFMSCOCT4-adherent的上层培养液,离心重悬后获得的悬浮细胞。
培养条件:hHFMSC接种于培养瓶或培养皿中,hHFMSCOCT4-adherent、hHFMSCOCT4-floating细胞接种于Matrigel包被的培养板上。3种细胞均用含体积分数0.10胎牛血清、10 μg/L碱性成纤维细胞生长因子(bFGF)的H-DMEM/F12培养液,置于37 ℃、含体积分数0.05 CO2培养箱中恒温培养。
1.2 RNA提取及测序
每组细胞准备3个重复的独立样本 ......
您现在查看是摘要页,全文长 8407 字符。