刘皓,曲一丹,周昊,赵俊江,郑自文,张坚

    (1 青岛大学医学部,山东 青岛 266071;2 青岛大学附属医院普外科)

    乳癌是常见的恶性肿瘤之一,在女性中其发病率高居全球首位[1]。目前,临床上对乳癌确诊依靠组织活检,根据组织中的肿瘤标记物对疾病进行诊治。但这种方法侵入性强,动态性检查效果差。随着乳癌病人对常规疗法的耐药性逐渐增加,需进一步寻找有效的分子靶标进行靶向治疗。外周血单个核细胞(PBMC)主要由包括淋巴细胞和单核细胞在内的机体免疫细胞组成,在人体的免疫防御系统中发挥至关重要作用。癌组织可能将癌细胞释放到血液中,被PBMC 吞噬并表达癌细胞含有的标志物,这种变化可能比存在于外周血中的肿瘤细胞更早被检测到。通过发现PBMC基因的变化,有助于对浸润性乳癌进行早期的诊断与治疗。生物信息学与微阵列技术可为深度研究肿瘤在基因组水平上的发展进程提供帮助。本文研究应用生物信息学方法,通过微阵列数据的挖掘与分析,确定浸润性乳癌病人PBMC中的核心(HUB)基因,预测并构建与其对应的调控网络,为探讨浸润性乳癌的生物学过程及临床诊疗提供理论依据。

    1 材料与方法

    1.1 数据获取

    从基因表达综合数据库(GEO)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)中获取所需基因表达数据GSE27562(截止日期2019-05-25)。筛选条件:①样本总量>30;②样本资料来源于临床病人;③原始芯片数据提取,实验类型为Expression profiling by array。共采集了162例样本,选取其中的57 例经活检证实为浸润性乳癌病人的术前外周血样本,31例经乳房X 线摄影检查结果为阴性的健康人外周血样本。

    1.2 差异基因分析

    应用GEO 中GEO2R 在线分析工具(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/)对差异基因进行分析。筛选标准:P<0.05,校正P值(adjustedP-value)<0.05,基因表达值倍数变化(FC)≥0.8。应用Metascape数据库将不同基因的名称转换成统一的标准缩写。

    1.3 GO分析及KEGG分析

    应用DAVID6.8(https://david.ncifcrf.gov/home.jsp)富集分析差异表达的基因,揭示其生物学功能。分别进行GO 功能注释分析和KEGG 信号通路分析,获得差异表达基因的基因功能和信号通路的功能。GO 富集标准:最小交集≥5、P≤0.05 ......