樊雨乔,林玫,徐文华

    (1 青岛大学医学部医学检验学系,山东青岛 266071; 2 临沂市第三人民医院检验科)

    肺鳞癌(LUSC)是肺癌常见的亚型[1-2],病人病死率高[3]。目前,LUSC治疗策略主要包括手术、化疗、靶向治疗和免疫治疗。早期病人多采用手术切除治疗,晚期则以化疗为主[4],但后者预后不佳[5-6]。致癌基因的发现对肺癌的治疗策略选择产生了重大的影响,但LUSC 病人很少发生表皮生长因子受体(EGFR)基因突变和间变性淋巴瘤激酶(ALK)易位,这限制了其靶向分子治疗的选择[7-10]。目前,免疫治疗成为提高LUSC病人生存率的重要方法[11],阻断免疫检查点通路是抗肿瘤治疗的热点[12-14]。然而,一些病人对免疫检查点抑制剂不敏感[15]。有研究结果表明,免疫相关基因(IRGs)不仅与病人的预后有关,还通过影响肿瘤免疫微环境影响病人对免疫治疗的敏感性[16]。本研究旨在开发一种基于多个IRGs的预后信号,评估LUSC 病人的预后及对免疫治疗的敏感性。

    1 资料和方法

    1.1 数据采集

    数据资源下载于TCGA 数据库(http://portal.gdc.cancer.gov/)。①登录TCGA 数据下载官网(https://portal.gdc.cancer.gov/),点击Repository,进入数据存储地;②点击Case,选择肿瘤原发部位、项目、疾病类型;③点击Files,选择基因表达的测序数据HTSeq-FPKM 进行下载(https://gdchub.s3.us-east-1.amazonaws.com/latest/TCGALUSC.htseq_fpkm.tsv.gz)。其中包括所有病人的基因表达谱和临床统计数据,总共获得了502 例LUSC组织和49例正常肺组织。临床信息包括病人的年龄、性别、TNM 分期、T 分期、N 分期、M 分期、生存时间和生存状态。从Imm Port数据库(http://www.immport.org)下载了2 483个IRGs[17]。IRGs根据功能不同,分为细胞因子、肿瘤坏死因子家族受体、B细胞受体信号通路和白细胞介素等17个免疫类别。从Animal TFDB(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/Animal TFDB/)下载了1 665个转录因子 ......