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编号:451054
自噬相关基因与膀胱癌预后生存分析
http://www.100md.com 2022年9月16日 青岛大学学报(医学版) 2022年第4期
高风险,通路,1资料与方法,1数据来源,2DEARGs差异表达分析,3DEARGs在膀胱癌中的生物学功能分析,4DEARGs预后风险模型的构建,5预后风险模型的评估,6外部数据集对于模型的验证,7独立预后分析,2结果,1DEA
     韩文凯,许晓燕,李丹霞,车铠,焦伟,牛海涛

    (1 青岛大学医学部,山东 青岛 266071; 2 青岛大学附属医院泌尿外科)

    膀胱癌是泌尿系统中最常见的肿瘤之一,也是我国老年人群中高致死率的癌症[1-2]。膀胱癌最常见的病理类型是尿路上皮癌,其具有耐药性强、转移率高、复发率高、预后差等特点[3-4]。虽然手术、放疗和辅助化疗的应用大大改善了膀胱癌病人的预后,但膀胱癌致死率仍居高不下[5]。因此,需要寻找新的方法来提高膀胱癌病人的诊断和预后。近年来,分子标志物已经被证实有助于膀胱癌的诊断和治疗[6]。已有研究表明,膀胱癌病人的晚期无进展生存与某些分子标志物高表达相关[7-8]。然而,由于研究缺乏更大的临床研究队列,这些潜在生物标志物的功能以及临床意义无法得到充分验证。自噬在细胞的代谢过程中具有平衡作用,正常情况下自噬可以清除功能受损的细胞器以及表达错误的蛋白质[9]。人类发展过程中的多种疾病与自噬相关,并且自噬与肿瘤的发生也存在密切关系[10]。自噬对于肿瘤是一把双刃剑,早期可以抑制肿瘤的形成,晚期可以促进肿瘤的生长和转移[11]。近年来有研究表明,自噬基因可以通过信号通路诱导膀胱癌浸润和转移[12-13]。因此,自噬基因可能作为膀胱癌诊断以及预后的分子标志物。本研究从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中获取膀胱癌转录组数据进行分析,并且构建自噬相关基因(DEARGs)的预后模型,评估该模型的预后预测能力。

    1 资料与方法

    1.1 数据来源

    从TCGA数据库中获取了430例样本的转录组数据(HTSeq-FPKM),其中癌旁组织19例,膀胱癌组织411例。GSE31684数据集从基因表达综合数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE31684)中下载获得[14-15]。DEARGs来源于人类自噬数据库(HADb,http://www.autophagy.lu/),从该数据库中获得了232个自噬基因,其中194个基因在TCGA数据库中表达 ......

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