邱康,朱谦,金晨,孙传东

    (青岛大学,山东 青岛 266071 1 医学部; 2 附属医院肝胆胰外科; 3 附属医院小儿外科)

    肝癌是世界上是第七常见的癌症类型,5年生存率仅有18%,是致死率第二高的肿瘤,仅次于胰腺癌[1]。随着环境中致癌因素的增加,肝癌在我国的发病率逐年上升[2]。尽管目前的临床管理已经极大地改善了肝癌病人的生存率,但由于转移率高,肝癌病人的一般预后仍然极差[3]。因此,了解肝癌的发病机制,找到一种评估病人预后以及指导临床治疗的方法十分重要。microRNA(miRNA)作为短的单链RNA分子可以通过翻译抑制调节蛋白质编码基因[4],肝组织miRNA在肝癌中表达失调,参与了肝癌的发生和发展[5]。肝癌细胞通过多种方式影响miRNA的功能,包括染色体改变、聚腺苷基化修饰及转录因子的异常表达等[6]。N7-甲基鸟苷(m7G)具有特定修饰依赖性化学性质,普遍存在于哺乳生物中并且修饰特定转录位置。m7G存在于真核生物mRNA的5’端帽中,且在转运RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小核RNA(snRNA)和小核仁RNA(snoRNA)等其他种类的RNA中也发现了类似情况[7]。已有研究表明,介导内部m7G修饰的最具特异性酶甲基转移酶样1(METTL1)和其辅助因子WDR4,参与调节miRNA的m7G修饰,从而影响生物发生和细胞迁移[8]。本研究基于生物信息学方法,应用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库构建了m7G修饰相关的miRNA的风险预后模型,并利用Estimate数据库对免疫细胞浸润和免疫功能进行分析,旨在构建一个模型来评价肝癌病人的预后,为肝癌病人的治疗和预后评价提供参考。现将结果报告如下。

    1 材料和方法

    1.1 数据下载与处理

    从TCGA数据库(https://portal.gdc.cancer.gov)中检索并下载肝癌的miRNA表达数据和临床特征数据,其中正常组织50例,肿瘤组织375例,临床数据371例。利用软件Strawberry Perl 5.32.1.1将基因表达数据进行转换整理为表达矩阵,用于后续分析。GSEA数据库(http://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp)下载得到m7G相关基因并进行单因素Cox回归筛选,得到差异基因用于后续分析。在Estimate数据库中下载肝癌相关的373个样本的免疫评分,用于后续免疫细胞浸润和免疫功能的分析。

    1.2 m7G差异基因分析 ......