吴瑶,何杰,张维

    (成都医学院第一附属医院呼吸与危重症医学科,四川 成都 610500)

    肺鳞状细胞癌(肺鳞癌)属于肺癌常见的病理亚型之一[1-2]。虽然近年来对于肺鳞癌病人的治疗取得了较大进步,但病人的5年生存率仍然没有超过20%[3-4]。构建一种新的并且有效的预测模型将有助于肺鳞癌病人的预后判断和个体化治疗。自噬是真核生物进化中一种高度保守的生物学过程[5],自噬和自噬相关基因的调节在肿瘤的发生发展中发挥着重要作用[6]。YANG等[7]对人体肝癌组织和正常肝脏组织对比研究发现,HOX转录物反义RNA(HOTAIR)在肝癌组织中表达量显著高于正常肝组织,并且同时伴随着自噬基因的高表达,提示在肿瘤细胞中,自噬的强化可能与基因自噬相关长链非编码RNA(LncRNA)过度表达密切相关。高德军等[8]研究表明,LncRNA可通过靶向调节miR-140-5p促进肺癌细胞的增殖和自噬,抑制凋亡。鉴于LncRNA在肺癌自噬中的重要作用,推测自噬相关LncRNA可能可以作为肺鳞癌的预后标志物。本文旨在用生物信息学方法研究自噬相关LncRNA对肺鳞癌的预后价值并构建预后模型,为肺鳞癌病人的预后评估提供一定参考。

    1 资料和方法

    1.1 研究对象

    从癌症基因组图谱(TCGA)官方网站(网址为https://gdc-portal.nci.nih.gov/)下载肺鳞癌病人肿瘤组织和癌旁组织的mRNA测序数据及临床信息。通过Illumina高通量测序平台获得mRNA测序数据。下载的数据内容包含肺鳞癌病人502例肿瘤组织的mRNA表达数据和49例癌旁正常组织的mRNA表达数据。临床数据包含病人的ID号、年龄、性别、病理分期、生存时间、生存状态等,为了减少统计学误差,剔除生存时间少于30 d的病人信息,最终纳入482例肺鳞癌病人。

    1.2 自噬相关LncRNA的提取

    从HADb(http://autophagy.lu/)数据库中获得自噬基因232个,通过ActivePerl软件(版本号5.26)提取232个自噬基因在TCGA的表达谱并分类出LncRNA表达谱 ......