基于人类蛋白质组微阵列数据筛选蟾毒灵抗癌作用靶点的生物信息学分析








[摘要] 目的
通过生物信息学方法分析蟾毒灵人类蛋白质组微阵列数据,探究蟾毒灵互作蛋白之间的潜在联系,预测蟾毒灵在癌症中的作用靶点。
方法 使用clusterProfiler包进行GO、KEGG和GSEA富集分析,使用STRING数据库及Cytoscape软件进行关键蛋白筛选。下载TCGA数据库数据进行关键基因的泛癌分析;使用survival包绘制关键基因在肺癌、肝癌和胃癌中的K-M曲线,评估其预后效能。
结果 GO、KEGG和GSEA富集分析结果表明,蟾毒灵潜在互作蛋白显著富集于细胞内的各类囊泡的腔和膜以及核糖体等细胞组分,与鸟苷核苷酸结合、GTP结合、钙黏蛋白结合等分子功能以及氨基酸及衍生物代谢、糖代谢、核糖体、真核细胞翻译起始、细胞周期、细胞凋亡、DNA复制等生物学过程密切相关。筛选出前10位的核心蛋白,分别为RPL6、RPL8、RPL14、RPL24、RPL31、RPL36、RPS4X、RPS16、FAU和GNB2L1 ......
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