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编号:93454
基于糖酵解基因的结肠癌预后评分模型的建立
http://www.100md.com 2021年9月3日 遵义医科大学学报 2021年第3期
1材料与方法,2结果与分析,3讨论
     成天琼,陈学农

    (1.遵义医科大学 研究生院,贵州 遵义 563099;2.遵义医科大学附属医院 针灸科,贵州 遵义 563099)

    结肠癌(Colon cancer,CC)是世界上常见的侵袭性消化道肿瘤,随着中国经济和生活方式的改善,中国的结肠癌发病率近年来总体呈上升趋势[1-2]。尽管对治疗方案的改进如靶向治疗等已大大改善了结肠癌患者的临床结局,但大多数患者由于局部复发和远处转移而使治疗失败。因此,预测远处转移和不良预后的风险对结肠癌的治疗至关重要。最近,越来越多的证据表明癌细胞的代谢与其来源的正常细胞有很大不同[3]。癌细胞中的葡萄糖代谢主要特征是葡萄糖摄取增加和有氧糖酵解增强[4]。糖酵解增强和谷氨酰胺分解是癌症代谢重编程的主要标志,代谢重编程和低氧导致多种癌症对传统化疗药物的抵抗,这使癌细胞能够维持较高的增殖速率并抵抗某些细胞死亡信号[5-6],这种现象是发现新的治疗靶标和新的抗癌药物的焦点。除了提供细胞能量外,糖酵解的代谢中间体在大分子生物合成中也起着关键作用,因此在营养供应减少的情况下赋予了癌细胞更多的优势[4]。糖酵解的致癌调控和糖酵解成分的多方面作用表明了肿瘤糖酵解的生物学意义,有必要阐明结肠癌糖酵解的潜在机制。基于此背景,本研究用来自TCGA的结肠癌mRNA表达数据鉴定出与糖酵解显著相关的231个mRNA,并开发了一个4糖酵解基因风险谱来有效地预测CC患者的预后,为CC的诊断和治疗提供了新的靶标,可促进人类对CC发病机理的认识并提高诊断和治疗水平。

    1 材料与方法

    1.1 临床信息和mRNA表达数据收集 从TCGA(https://cancergenome.nih.gov/)中下载结肠癌患者的临床数据和mRNA表达谱。一共包括473个CC样本和41个相邻的正常组织样本。提取具有完整临床信息的444例结肠癌患者资料,包括性别、年龄、TNM分期、生存时间和生存状态等。

    1.2 数据处理和风险参数计算进行基因富集分析 确定CC和正常组之间所鉴定的糖酵解相关基因集是否存在显著差异。接下来,分析CC样品和邻近的非癌性组织中mRNA的表达水平,借助R语言limma包,以|log2|>1且P 1)和保护型(0

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