基于公共数据平台识别食管鳞癌预后相关基因及相关通路分析
食管癌,1材料与方法,2结果,3讨论
毛 雁,何思思,汪 君,郑 倩,刘晓曦,贺 旭,王彦哲,马 虎(遵义医科大学第二附属医院 胸部肿瘤科,贵州 遵义 563099)
食管癌(Esophageal carcinoma,EC)是一种起源于胃肠道的侵袭性恶性肿瘤,在全球癌症发病率中排名第7,是全球癌症相关死亡的重要原因。据最新癌症统计数据显示,2020年全球有60.4万例EC新发病例和54.4万例病死病例[1]。食管癌分为食管鳞状细胞癌(Esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)和食管腺癌(Esophageal adenocarcinoma,EAC),食管鳞癌是我国的主要食管癌类型[2]。目前,食管癌的主要治疗方法是手术、内镜下黏膜剥脱术、放化疗等[3],但由于早期症状隐匿,大多数患者被诊断时往往已达晚期,失去根治的机会,死亡率很高[2],其5年生存率在15%~25%[4]。近年兴起的分子靶向治疗,使得肿瘤治疗进入了分子靶点的个体化医疗时代,其通过作用于肿瘤细胞特定的靶点,已在多种肿瘤中显示出了良好的疗效[5]。食管癌治疗中也有一些靶向药物在进行临床探索和应用,但大多数疗效并不显著。因此,有关食管癌(尤其是食管鳞癌)发生发展的分子机制亟待深入研究。本研究基于公共基因芯片数据库(Gene expression omnibus,GEO)中的数据,通过生物信息学方法分析,筛选可能在食管鳞癌中发挥重要作用的基因,为进一步研究食管鳞癌分子机制、寻找潜在治疗靶点提供新的思路。
1 材料与方法
1.1 研究思路 所有的分析基于网络平台公开可得的资源,具体研究流程如图1。

图1 研究流程
1.2 重叠DEGs的筛选 2个独立的ESCC基因芯片表达数据集从GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)获得。利用GEO2R(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/)在线工具,快速识别ESCC标本和正常食管标本之间的差异表达基因(Differentially expressed genes ......
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