hsa-miR-181a-5p靶基因预测及生物信息学分析
靶向,调控,通路,1材料与方法,2结果,3讨论
王艳阳,刘 婵,周 雪,张隆泽,余丽梅,何志旭,4(1.遵义医科大学附属医院 贵州省细胞工程重点实验室,贵州 遵义 563099;2.遵义医科大学组织损伤修复与再生医学省部共建协同创新中心,贵州 遵义 563099;3.遵义医科大学 基础医学院免疫学教研室,贵州 遵义 563099;4.贵州省儿童医院,遵义医科大学附属医院 小儿内科,贵州 遵义 563099)
miRNA是一类非编码RNA,是一种内源性、高度进化保守的单链RNA,可作为基因表达的调节因子来发挥关键作用[1]。1993年,Lee等[2]在对秀丽隐杆线虫的研究中,第1次报道了miRNA。迄今为止,已鉴定出超过2 000种miRNA,miRNA在大多数生物过程的调节中发挥关键作用,其中包括细胞分化、增殖以及细胞周期调节和代谢[3],miRNA现被用于多种临床诊断标志以及疾病治疗靶点[4]。超过60%的人类蛋白质编码基因在其3' 非翻译区含有miRNA靶位点[5],miRNA在转录和翻译水平上调控目的基因的表达,可以通过与启动子区域中的反向互补序列结合来调节靶基因的转录,核miRNA通过转录基因激活(TGA)和转录基因沉默(TGS)来发挥作用[6],成熟的miRNA被加载到RNA诱导的沉默复合体中,引导复合体靶向mRNA,导致翻译抑制和靶向mRNA降解[4]。每个miRNA可调控数个靶基因,而同一个靶基因也可以被多个miRNA调控[6],因此miRNA对靶基因表达的调控作用在人类组学中具有庞大而复杂的系统,近年来许多科学研究已经在特定的miRNA改变和疾病之间建立、验证了它们之间的联系,miRNA已经逐渐成为国内外学者研究的重点。
miR-181a可通过参与细胞的增殖、凋亡和分化调节各种各样的生物过程,包括T细胞分化的调控[7],血小板活化的调节[8],精子的形成[9],也可以作为癌基因或肿瘤抑制因子参与各种癌症的发病机制[10]等,这些研究结果提示miR-181a在多种生物学过程中发生作用,因此对其功能的深入探索尤为重要。
本研究根据现有生物信息学分析系统对hsa-miR-181a-5p进行了全面的分析[11],首先对hsa-miR-181a-5p的染色体基因定位及miR-181a-5p的物种保守性进行分析,根据其结果验证其是否有重要生物学功能。在这些基础上,对hsa-miR-181a-5p在人类各组织以及不同疾病发生中的表达丰度进行分析,为进一步对现有实验所验证结论进行整理概述提供充分的理论支持,最后对其靶基因进行预测并对其靶基因进行GO功能分析、KEGG信号转导通路富集分析以及靶基因之间蛋白质相互作用,并在细胞水平验证靶基因及其富集通路,为预测结果提供理论支撑,同时在讨论部分结合现有实验研究进一步相互佐证,为hsa-miR-181a-5p在生物学过程中所起到的的调控机制提供理论支持 ......
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