苏丽萍，郭姗姗，刘 洋，陈雅婧, 朱盈霏, 邢金良，郭 旭，郭海涛

    (空军军医大学基础医学院： 1生理与病理生理学教研室， 2学员二大队，陕西 西安 710032)

    人的线粒体DNA(mitochondrial DNA，mtDNA)是由16 569个碱基组成的双链环状闭合DNA[1]。mtDNA包括37个基因，分别负责编码13种蛋白质、22种tRNA和2种rRNA，具有多态性程度高、拷贝数多、母系遗传等特点[2]。mtDNA变异包括遗传性突变和体细胞突变。研究报道线粒体的遗传性突变与癌症发生发展相关，如mtDNA单倍群与肠癌等癌症的发生有关[3-4]。mtDNA体细胞突变参与多种疾病和衰老的发生和进展[5-6]。此外，与核基因组的两个拷贝相比，线粒体基因组在细胞中以多个拷贝的形式存在。研究表明mtDNA的拷贝数异常变化与多种癌症的发生相关联[7]。近年来，DNA的片段分布规律在癌症研究中受到广泛关注[8-9]。因此，准确定量和定性分析mtDNA的变异、拷贝数和DNA片段分布对后续研究结果的准确性具有重大意义。

    遗传物质从线粒体转移到细胞核并将其整合到核基因组的过程中，mtDNA片段被合并为非编码序列，这样的片段称为核线粒体DNA(nuclear mitochondrial DNA，NUMT)[10-11]。NUMT片段是线粒体基因向核基因组转移造成的，在这些核基因组上与mtDNA高度相似的DNA片段容易被通用mtDNA引物扩增出来，并被错误地当成mtDNA进行后续分析。显而易见NUMT的存在给mtDNA的研究带来潜在的影响[12]。目前，mtDNA检测最常见的方法是二代测序。在mtDNA二代测序分析过程中主要通过比对的方法来减少NUMT的影响。而比对的方法主要是将测序reads同时与线粒体参考基因组和核参考基因组进行比对，比对到核基因组的reads可能是NUMT，并在后续分析过程中过滤掉这些reads[13-14] ......