基于网络药理学研究黄芪治疗逼尿肌无力的作用机制
靶点,1材料与方法,2方法,2结果,1有效成分的预测,2疾病相关靶点的获取,3PPI网络的构建,4构建中药-有效成分-靶点网络图,5GO和KEGG富集分析,3讨论
张昌鋆,程义东,朱晓雨,陶方泽,王安喜(南京中医药大学附属南京中医院,江苏 南京 210001)
黄芪是豆科黄耆属植物。在泌尿系统中具有利尿、抑菌及类激素样等作用。膀胱逼尿肌在人排尿时可以产生强有力的收缩,使膀胱内压力急速升高以完成排尿。所以膀胱逼尿肌无力时可发生排尿障碍。在中药方剂中黄芪对于改善膀胱逼尿肌无力导致的排尿障碍有着独特的作用。
网络药理学技术通过构建药物、成分、靶点、疾病、通路之间的复杂网络来预测药物的作用机制,适用于中药复杂体系机制分析[1]。本文对黄芪治疗膀胱逼尿肌无力开展网络药理学分析,研究黄芪治疗膀胱逼尿肌无力的药效基础、潜在靶点以及作用通路,以期为黄芪治疗膀胱逼尿肌无力的作用机制提供更多理论依据。
1 材料与方法
1.1 材料
应用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis platform,TCMSP)寻找黄芪化学成分,筛选口服利用度(oral bioavailability,OB)≥30%且类药性(drug likeness,DL)≥0.18[2]的有效成分,获得黄芪的有效成分。同样从TCMSP中挖掘出黄芪有效成分所作用的蛋白质靶点。并且运用perl脚本,结合UniProt数据库对黄芪的作用靶点进行基因注释。
1.2 方法
1.2.1 疾病相关靶点的筛选 GeneCards数据库包含治疗各种疾病相关的蛋白质的靶点和基因。本研究基于GeneCards数据库筛选膀胱逼尿肌无力相关靶点。将上述疾病靶点与黄芪潜在靶点取交集,共收集到17个基因,作为疾病和药物的共同潜在靶点。
1.2.2 构建蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络 对黄芪治疗膀胱逼尿肌无力的作用靶点进行相应的PPI网络分析。借助STRING数据库对筛选出的靶点进行PPI网络分析。
1.2.3 构建中药-有效成分-靶点网络图 依据黄芪药物有效成分与膀胱逼尿肌无力靶点之间相互作用关系,运用Cytoscape软件将复杂的网络关系进行可视化处理。
1.2.4 靶点的GO与KEGG富集分析 为了进一步研究筛选出的黄芪作用靶点的潜在生物学效应 ......
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