当前位置: 首页 > 期刊 > 《空军军医大学学报》 > 2023年第1期
编号:604783
NEDD4L作为骨肉瘤预后标志物的生物信息学研究
http://www.100md.com 2023年2月13日 空军军医大学学报 2023年第1期
细胞系,绘制,测序,1材料与方法,2方法,2结果,1DEG分析与单因素Cox回归分析,2多因素Cox回归预后模型的构建与评估,3NEDD4LTME分析,4基于NEDD4L的单因素预测模型及验证,5NEDD4L表
     刘懿天,庄 然,丁 勇

    (1空军军医大学唐都医院骨科,陕西 西安 710038;2空军军医大学基础医学院免疫学教研室,陕西 西安 710032)

    骨肉瘤(osteosarcoma,OS)是一种进展程度快、易发生早期转移的恶性骨肿瘤,好发于青春期以及65岁以上的老年人[1]。OS最常见的病变部位为股骨远端及胫骨近端的干骺端[2],疼痛和肿胀是其早期最常见的症状。由于好发于青春期人群,症状常被误认为是生长痛或剧烈运动导致的疼痛而耽误早期诊断。作为一种恶性程度极高的骨肿瘤,OS具有亲肺转移的特性,在发生转移的患者中,有高达82%的患者存在肺转移[3],并且大约20%的患者在确诊OS时便已发生肺转移[1]。尽管自上世纪80年代以来通过手术切除、化疗等各种治疗方式使未发生肺转移的局灶性患者长期存活率已经保持在60%以上,但对于已经发生肺转移的患者来说,其长期存活率却一直没有改善,仍然低于40%[4]。因此,亟需了解OS发生发展的分子机制,并寻找新的生物标志物用于OS的早期诊断和预后评估。

    虽然OS具有高度侵袭性,但其发病率却非常低,在0~19岁的人群中每年每百万人只有不到6人确诊[5]。这导致OS难以像结直肠癌、乳腺癌那样拥有完整的大样本量的转录组图谱,癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中31种癌症分类中甚至没有OS,只有肉瘤。尽管既往已有研究采用生物信息学的方法对OS的预后标志物进行了初步筛选,但不是样本量过小就是数据来源单一,只在特定数据集中有效[6]。

    本研究从多个不同数据库选取与OS相关的多种不同类型的基因表达谱数据集,分析了OS患者肿瘤组织与正常骨组织的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),通过功能富集分析、肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)分析以及单因素和多因素Cox回归分析筛选影响患者预后的相关基因,构建预后预测模型并进行了蛋白水平的初步验证,为OS患者的诊断和预后评估提供临床新思路。

    1 材料与方法

    1.1 材料

    1.1.1 生物信息学数据 从TARGET数据库(https://ocg.cancer.gov/programs/target)检索下载TARGET-OS项目的RNA-seq表达矩阵,其表达量单位为TPM。从GEO数据库(http://www.ncbi. nlm.nih.gov/geo)中检索下载OS相关的RNA-seq或Microarray表达矩阵及对应注释信息 ......

您现在查看是摘要页,全文长 13071 字符