微管蛋白α-1B在泛癌中的表达及临床意义
癌症,数据库,1资料与方法,2方法,2结果,1TUBA1B在泛癌中的表达差异分析,2TUBA1B在泛癌临床分期间的表达差异分析,3TUBA1B表达与泛癌的生存预后分析,4TUBA1B在泛癌中的突变特征,5TUBA1B与
刘 艺,周晔禄,贺文芳,卢瑗瑗,赵晓迪,吴开春(国家消化系统疾病临床医学研究中心,消化系肿瘤整合防治全国重点实验室,空军军医大学西京消化病医院,陕西 西安 710032)
癌症是世界范围内重要的公共卫生问题,每年全世界约有1 900万新发病例和1 000万死亡病例,给个人、家庭、社区和卫生系统带来了巨大的负担[1]。单一癌症种类的研究限制了我们对基因多面性和潜在机制的全局视野,描述基因在不同肿瘤类型的差异和相似性对识别肿瘤发生的基本动态以及为诊断、预后和治疗提供信息至关重要。泛癌分析是一种跨多种癌症类型的分子畸变分析,可将来自不同谱系癌细胞的特征进行整理总结,以发现失调的关键生物学过程[2],泛癌基因探索已成为揭示癌症基因机制的一种重要手段。
微管蛋白α-1B(tubulin alpha-1B,TUBA1B)基因编码微管蛋白α-1B链,可水解GTP使微管生长[3]。TUBA1B的c端尾部有7个谷氨酸残基,能够发生谷氨酰化、甘氨酸化和去酪氨酸化[4-5]。通过此c端,TUBA1B可与微管结合蛋白相互作用,包括细胞骨架相互作用因子和细胞骨架调节因子。目前已有多项研究表明TUBA1B在多种肿瘤中表达升高,通过影响细胞极性、迁移、骨架形成等参与疾病发展,如鼻咽癌[6]、乳腺癌[7]、肝细胞癌[8]、精神分裂症[9]等。此外,有证据表明TUBA1B可通过影响免疫细胞的生物学过程参与肿瘤发生发展,如参与结直肠癌患者CD8+T细胞耗竭[10];影响肝细胞癌患者NK细胞浸润[11]。
然而,目前TUBA1B在肿瘤发展的机制未得到明确阐述,且缺少其在泛癌中的研究,因此,我们利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和GEO数据库对TUBA1B进行系统分析,在33种肿瘤中通过表达水平、疾病分期、临床预后和基因突变特征等方面评估TUBA1B与肿瘤恶性表型的相关性。随后,我们对TUBA1B相关免疫细胞浸润水平、免疫相关基因共表达水平进行数据挖掘。最后进行TUBA1B的富集分析,包括相互作用蛋白预测、通路富集分析,通过生物信息学的方法探讨TUBA1B参与肿瘤发生发展的可能机制,为基础研究提供线索。
1 资料与方法
1.1 资料
在TCGA数据库中提取33种癌症样本和相应正常样本的mRNA表达谱及相关临床数据,共涉及11 315份样本。在组织基因谱(Genotype-Tissue Expression,GTEx)中下载31个不同组织的正常基因表达数据 ......
您现在查看是摘要页,全文长 13654 字符。