摘要：基因测序技术发展迅速，二代测序已代替一代测序被广泛应用，三代测序也已进入市场。测序技术目前逐渐被应用于病原微生物的检测，主要分为单一微生物de novo测序、单一微生物基因组重测序、复杂病原样品的宏基因组测序，检测结果快速精准。

    关键词：病原微生物；基因组测序；宏基因组

    1977年，英国的Sanger利用DNA复制的生物学特性，设计了一种通过DNA复制来识别4种碱基的方法，即经典的双脱氧核苷酸末端终止测序法(Dideoxy chain termination)，揭开了DNA测序技术新篇章。尤其是高通量测序[1]的发展，使得短短10年，一个人类基因组的测序由10年前的30亿美金发展到今天只要6000美金。测序技术快速发展推进了基因组测序应用于临床病原微生物的检测。2016年是我国精准医疗元年，也是基因组测序应用于临床诊断飞速发展的一年。国家卫计委发布《关于印发遏制细菌耐药国家行动计划(2016-2020)的通知》中支持耐药菌感染快速诊断技术的研发，特别是快速鉴别细菌与非细菌感染的技术设备、耐药菌快速检测。

    测序技术的发展

    (一)一代测序

    1977年 ......